No son las mas usadas durante la identificacion de la planta, porque no estan visibles, pero la importancia para distinguir entre varios tipos de plantas herbaceas ha sido notada.Existen varios tipos distintos de partes subterraneas.

Las raices anclan la planta al suelo y absorben agua y minerales. Generalmente crecen hacia abajo o hacia afuera.Nunca son verdes y nunca tienen hojas o brotes.
La primera raiz de la germinacion, puede persistir, creciendo en longitud y espesor, ramificandose formando una raiz principal (como en la mayoria de las dicotiledoneas) o la raiz primaria puede no persistir, ya que su funcion ha sido tomada por raices producidas a partir de brotes en la base de los tallos (raices adventicias), formando un sistema radicular fibroso (como en la mayoria de las monocotiledoneas).
Algunas plantas tener raíces que se hinchan y actuan como órganos de almacenamiento de alimentos (por ejemplo, la zanahoria); tales órganos son conocidos como tubérculos.




Algunas plantas, principalmente las que crecen epifitas, producen raíces aéreas de yemas adventicias sobre los tallos. Estas raíces podrán descender al suelo donde se absorbe los nutrientes y agua, como en algunos orquídeas tropicales y la familiar planta de queso Suizo(Monstera pertusa), o pueden simplemente pender en el ambiente húmedo y absorber la humedad (como las orquidias en muchas regiones tropicales). En algunos casos, raíces aéreas tienen otras funciones (por ejemplo, las raíces escaladoras de la hiedra, Hedera helix).



Los tallos subterráneos se parecen superficialmente a las raíces, pero tienen yemas y pequeñas hojas reducido (hojas a escala) y a menudo crecen horizontalmente o casi; las yemas puede producir ramificaciones o puede producir brotes ascendentes. Estos tallos subterraneos son conocidos como rizomas; pueden hincharse para almacenar alimento, como los tubérculos (como en la papas, Solanum tuberosum).
Los rizomas ocasionalmente se extienden sobre la tierra, extendiendo bucles y luego enraizando en un punto cierta distancia de la base de la planta madre. Estos rizomas aereos se conocen como estolones o corredores; la planta de fresa (Fragaria) es un ejemplo de este tipo.
Rizomas que son muy cortos, hinchado, similares a un bulbo y verticales
son conocidos como Bulbos, como se observa en las especies de Crocus.
Rizomas que son muy cortos, hinchado, similares a un bulbo y verticales
son conocidos como Bulbos, como se observa en las especies de Crocus.
Rizomas que son muy cortos, hinchado, similares a un bulbo y verticales son conocidos como Bulbos, como se observa en las especies de Crocus.

Los bulbos son órganos complejos formados por raíces modificadas, tallos y hojas basales.
La mayor parte del bulbo se compone de las bases de las hojas hinchadas, que se superponen y envuelven entre sí (como en la cebolla, Allium cepa) y se adjuntan en la base de una placa plana o piramidal, que es el tallo real (teniendo raíces en su lado externo). Las regiones mas periféricas de las hojas bases tienden a ser fibrosa o parecidas al papel, y sirven como protección para los los tejidos interiores más delicados.